1С:Торговля и Склад .Каким образом организовать работу в конфигурации, если есть два собственных юридических лица и одно из них работает с НДС + НП, а другое без НДС + НП?

В юридических лицах (фирмах) на закладке учетная политика есть вариант использования НДС и НП.

Для одной фирмы Вы ставите НДС и НП учитывать, а для другой нет.

В типе цен ставите, что налоги включены в цену.

При продаже товара от имени первой фирмы будет установлена продажа с НДС и НП, и цена будет, например, 10 руб., а для второй фирмы будет продажа без НДС и НП, но при подборе цена тоже будет равна 10 руб.