В УСН очень важен порядок занесения документов. Если вы, например занесли оплату, а потом более ранним числом ввели документ-основание, то у вас не будут формироваться налоговые проводки. Нужно всего лишь перепровести, чтобы восстановился правильный порядок. Советую перепровести все документы за год, тогда они все проведуться в нужной последовательности