Минфин России проанализировал нормы действующего законодательства и пришел к выводу, что счета-фактуры не могут быть подписаны электронно-цифровой подписью (см. письмо от 07.07.2009 № 03-07-14/63). Такая возможность (при соблюдении требований, установленных Федеральным законом от 10.01.2002 № 1-ФЗ "Об электронной цифровой подписи") предусмотрена только для первичных документов, коим счет-фактура не является.
ФНС России и раньше настаивала, что налогоплательщик не вправе предъявлять к вычету или возмещению суммы налога на добавленную стоимость, уплаченные поставщику, на основании счета-фактуры, оформленного поставщиком в электронном виде и заверенного электронно-цифровой или факсимильной подписью руководителя и главного бухгалтера организации (см. письмо от 17.05.2005 № ММ-6-03/404).
