Имущественный вычет по НДФЛ по доходам за текущий год не может применяться в отношении зарплаты, начисленной за предыдущий год, а выплаченной в текущем году. Это подтверждается в письме Минфина России от 09.07.2010 № 03-04-05/7-385.
В указанном письме речь идет о случае получения имущественного налогового вычета при приобретении жилья. Вычет предоставляется работодателем на основании уведомления, полученного гражданином в налоговой инспекции. Свои выводы финансовый орган основывает на положениях статьи 223 НК РФ.
В соответствии с пунктом 2 статьи 223 НК РФ при получении дохода в виде оплаты труда датой фактического получения налогоплательщиком такого дохода признается последний день месяца, за который ему был начислен доход за выполненные трудовые обязанности в соответствии с трудовым договором (контрактом).
О других особенностях получения имущественного вычета см., например, здесь.