Если налогоплательщик пропустил трехлетний срок, отведенный на заявление о зачете (возврате) излишне уплаченного налога, он может попытаться вернуть денежные средства через суд (письмо Минфина России от 26.11.2008 № 03-02-07/1-478, п. 7 ст. 78 НК РФ). Иск в суд о зачете, возврате налога либо об уточнении платежа может быть подан в порядке гражданского или арбитражного судопроизводства. В этом случае действуют общие правила исчисления срока исковой давности - со дня, когда лицо узнало или должно было узнать о нарушении своего права (п. 1 ст. 200 ГК РФ).
Свое разъяснение финансисты дали, основываясь на соответствующем Определении КС РФ от 21.06.2001 № 173-О.
В случае положительного судебного решения и при соблюдении условий, предусмотренных пунктом 7 статьи 45 НК РФ, налоговый орган примет решение об уточнении платежа и осуществит пересчет пеней.