На организации, подлежащие обязательному аудиту, не распространяется освобождение от обязанности ведения бухучета, действующее по законодательству в связи с переходом на УСН (п. 3 ст. 4 Федерального закона от 21.11.1996 № 129-ФЗ "О бухгалтерском учете"). Об этом сказано в постановлении ФАС Уральского округа от 07.09.2009 № Ф09-6133/09-С1.
Перечень случаев обязательного проведения аудита приведен в части 1 статьи 5 Федерального закона от 30.12.2008 № 307-ФЗ (в этом перечне, например, указаны ОАО). Однако системный анализ законодательства показывает, что организации, подлежащие обязательному аудиту, не являются единственным исключением из общего правила об освобождении от бухучета юридических лиц, применяющих упрощенку. Так, по мнению финансового ведомства, обязанность по ведению бухучета распространяется на все ООО и АО.
Отметим, что в программных продуктах фирмы "1С", поддерживающих упрощенную систему налогообложения, бухучет ведется в соответствии с Федеральным законом от 21.11.1996 № 129-ФЗ "О бухгалтерском учете".