В своем письме от 15.04.2014 № 03-04-06/17166 Минфин рассмотрел вопрос о пересчете НДФЛ, удержанного у нерезидента, если он приобрел статус резидента, который не изменится до конца года.
Согласно п. 2 ст. 207 НК РФ налоговым резидентом признается лицо, пробывшее в РФ не менее 183 дней в течение 12 месяцев подряд. Если налогоплательщик находится в России более 183 дней в текущем году (например, с 3 января до 3 августа 2014 года), его статус налогового резидента не изменится.
В этом случае налоговый агент, руководствуясь п. 3 ст. 226 НК РФ, должен пересчитать удержанный налог исходя из ставки 13 процентов вместо 30. С того месяца, в котором налогоплательщик приобрел статус резидента, ранее удержанный НДФЛ по ставке 30 процентов зачитывается в счет будущей уплаты налога по ставке 13 процентов.
Остаток налога, не зачтенный налоговым агентом в течение года, возвращается налоговым органом по месту жительства (учета) физического лица (п. 1.1 ст. 231 НК РФ).
В учетных программах "1С:Предприятие" после изменения статуса работника НДФЛ пересчитывается, и пользователю автоматически предлагается зачесть налог в счет очередных платежей в отношении данного сотрудника.