Минфин РФ в своем письме от 24.11.2016 № 03-07-11/69332 привел порядок применения вычета по НДС при зачете предоплаты по одному договору в счет оплаты товаров по другому договору с тем же покупателем.
Ведомство отмечает, что вычет НДС, исчисленного и уплаченного продавцами в бюджет с сумм предоплаты, без изменения условий (расторжения) соответствующего договора и без возврата этих сумм НК РФ не предусмотрен.
Вместе с тем, по нормам статей 171 и 172 НК РФ, суммы НДС, исчисленные с полной или частичной оплаты, полученной в счет предстоящих поставок товаров, подлежат вычету с даты отгрузки.
В связи с этим, в случае зачета предоплаты, полученной в счет предстоящей поставки товаров по одному договору, в счет оплаты товаров, ранее отгруженных по другому договору, заключенному с этим же покупателем, НДС, уплаченный продавцом с предоплаты, принимается к вычету с даты отгрузки товаров.
