ФНС России в письме от 24.11.2005 № ММ-6-03/988 разъяснило отдельные вопросы применения главы 21 НК РФ "Налог на добавленную стоимость" при переходе налогоплательщиков НДС на упрощенную систему налогообложения и ЕНВД.
Так, если налогоплательщиком получен аванс, НДС с него уплачен в бюджет, а отгрузка под этот аванс была осуществлена уже в период применения "спецрежима", вернуть уплаченный с аванса НДС не удастся, так как право на такой вычет возникает только у плательщиков НДС. Единственная возможность вернуть НДС - это своевременно внести изменения в договор и получить обратно от покупателя уплаченный ему в составе цены НДС. В этом случае НДС принимается к вычету и отражается в декларации по НДС в последнем налоговом периоде перед переходом на "спецрежим".
Если налогоплательщик в 2005 году определял налоговую базу по НДС по оплате, отгрузил товар в 2005 году и выставил покупателю счет-фактуру, а получил денежные средства уже в период применения "спецрежима", то придется с этой суммы перечислить в бюджет НДС.
Кроме этого, налоговые органы еще раз напомнили о необходимости восстановить НДС по товарам (в т.ч. основным средствам и нематериальным активам), по которым он ранее был принят к вычету. Восстановлению по основным средствам и нематериальным активам подлежат суммы налога, исчисленные с остаточной стоимости без учета переоценки по данным бухгалтерского учета. Эти суммы следует отражать по строке 370 налоговой декларации.
При этом, если налогоплательщик наоборот переходит со "спецрежима" на общий режим налогообложения (т. е. вновь становится плательщиком НДС), то принять к вычету можно будет только НДС по основным средствам и нематериальным активам, который не был отнесен к расходам.
