УМНС России по г. Москве в письме от 12.10.2004 № 24-11/65554 разъяснило порядок оформления счета-фактуры на продаваемое основное средство, в балансовую стоимость которого включен НДС.
Налоговое ведомство ссылается на пункт 3 статьи 154 НК РФ, согласно которому при реализации такого имущества налогооблагаемая база по НДС определяется как разница между ценой реализуемого имущества и его остаточной стоимостью с учетом переоценок. Таким образом, в счете-фактуре при реализации указывается сумма НДС, исчисленная с разницы.
При этом в графе 4 "Цена товара" указывается полная цена реализации.
Подробнее о заполнении счетов-фактур читайте здесь.