Как разъяснили финансисты в письме Минфина России от 24.02.2009 № 03-07-08/41, если организация арендовала муниципальное имущество для осуществления операций, местом реализации которых РФ не признается территория Российской Федерации, то уплаченные ею в бюджет в качестве налогового агента суммы НДС, исчисленные со стоимости услуг по аренде, к вычету не принимаются, а учитываются в стоимости таких услуг.
На основании пункта 3 статьи 171 НК РФ суммы НДС, уплаченные налогоплательщиками, которые признаются налоговыми агентами при приобретении услуг по аренде муниципального имущества, принимаются к вычету при условии, что услуги по аренде приобретаются для осуществления операций, облагаемых НДС.
В случае использования товаров (работ, услуг) для операций по производству и (или) реализации товаров (работ, услуг), местом реализации которых не признается территория РФ, суммы налога по таким товарам (работам, услугам) учитываются в их стоимости (подп. 2 п. 2 ст. 170 НК РФ).
Таким образом, делают вывод финансисты, суммы НДС, уплаченные в бюджет в качестве налогового агента арендатором муниципального имущества, приобретающего услуги по аренде для осуществления операций, местом реализации которых не признается территория Российской Федерации, к вычету не принимаются, а учитываются в стоимости таких услуг.