Переплату по НДС, начисленному по товарам, ввезенным на территорию Российской Федерации с территории Республики Беларусь, можно зачесть в счет недоимки по налогу, уплаченному в отношении товаров, реализованных на территории России. Об этом сказано в постановлении ФАС Волго-Вятского округа от 07.09.2010 по делу № А38-7141/2009.
Ссылка налогового органа на то, что проведение зачета было невозможно, так как переплата и недоимка по указанному налогу имеют различные коды бюджетной классификации, судом был отклонен. Действующее законодательство не ставит право на зачет излишне уплаченного налога в зависимость от кода бюджетной классификации по одному и тому же налогу.
Подробнее о правилах зачета переплаты по налогам см. здесь.