ФНС России в письме от 21.02.2007 № ГИ-6-04/135@ разъяснила порядок представления сведений о доходах физических лиц организациями, имеющими обособленные подразделения.
Такие налоговые агенты представляют сведения по месту постановки на учет головной организации.
При этом сведения могут представляться либо за всю организацию в целом (включая доходы, полученные от обособленных подразделений); либо отдельно: за головную организацию и за каждое обособленное подразделение.
Указанная позиция согласована с Минфином России.
В экономических программах фирмы "1С" поддерживается вариант представления "в целом по организации".