Согласно п. 2 ст. 207 НК РФ налоговыми резидентами признаются физические лица, фактически находящиеся в Российской Федерации не менее 183 календарных дней в течение 12 следующих подряд месяцев.
Комментируя данную норму в письме от 26.06.2014 № 03-04-05/30670, Минфин России указал, что налоговый статус физического лица определяется на каждую дату получения им дохода, исходя из фактического времени нахождения его на территории РФ.
Подсчитать 183 дня пребывания в РФ, по истечении которых налогоплательщик станет налоговым резидентом, можно сложив все календарные дни его нахождения на территории РФ за 12 следующих подряд месяцев.
Доходы налогоплательщика, находящегося на территории РФ более 183 дней за 12 месяцев, предшествующих дате получения дохода, облагаются НДФЛ по ставке 13 процентов.
В учетных программах "1С:Предприятие" после изменения статуса работника НДФЛ пересчитывается, и пользователю автоматически предлагается зачесть налог в счет очередных платежей в отношении данного сотрудника.
Подробнее о том, как определить статус физического лица в целях исчисления НДФЛ см. справочник "Налог на доходы физических лиц".