С 1 октября 2014 года действует правило: составлять счета-фактуры не требуется, если товары (работы, услуги, имущественные права) реализуются лицам, которые не являются плательщиками НДС либо освобождены от исполнения обязанностей плательщиков данного налога.
При этом между сторонами должно быть достигнуто согласие на несоставление счетов-фактур. НК РФ установлено, что такое согласие необходимо оформить в письменном виде (пп. 1 п. 3 ст. 169 НК РФ, пп. "а" п. 3 ст. 1, ч. 1 ст. 3 Федерального закона от 21.07.2014 № 238-ФЗ, о котором мы писали ранее).
Минфин России в разъяснении от 21.10.2014 № 03-07-09/52963 уточнил, что письменное согласие можно оформить и в электронном виде с проставлением электронной подписи (или иного аналога собственноручной подписи).
В "1С:Предприятии" можно обмениваться любыми произвольными электронными документами (как формализованными, так и неформализованными).
Пользователи «1С:Предприятия», имеющие действующий договор 1С:ИТС уровня ПРОФ (см. "Кто и как может заключить договор ИТС") могут ознакомиться с видеозаписью лекции «Обмен электронными документами в программе «1С:Бухгалтерия 8»: реальные возможности и перспективы развития», которая состоялась 20 ноября 2014 г. в 1С:Лектории.
Подробнее о том, когда нужно составлять (выставлять) счета-фактуры, см. справочник "Налог на добавленную стоимость".