В новом письме Минфина России от 25.09.2009 № 03-03-06/1/617 рассмотрены некоторые налоговые последствия реорганизации в форме присоединения. Как разъясняется в документе, у налогоплательщика, применяющего общую систему налогообложения, не принимается убыток, полученный присоединяемой организацией, применявшей до реорганизации УСН.
Это объясняется тем, что "при исчислении налоговой базы по налогу на прибыль организаций возможно учесть только тот убыток, который сформирован по правилам гл. 25 НК РФ". Такой подход полностью согласуется с положениями пункта 7 статьи 346.18 НК РФ, где сказано, что убыток, полученный при применении упрощенной системы налогообложения, не принимается при переходе на иные режимы налогообложения. Фактически в данном случае после реорганизации в отношении доходов и расходов присоединенной организации осуществлен такой переход.
Если бы присоединенная организация применяла общую систему налогообложения, вывод финансового ведомства был бы другим. Против учета убытков реорганизованной организацией Минфин России в целом не возражает (письмо от 26.06.2008 № 03-03-06/1/368).