Проводку по кредиту 76.5 действительно можно интерпретировать как погашение дебиторской задолженности.
Если контрагент является и покупателем, и поставщиком одновременно, то рекомендуется использовать разные договоры. Если это невозможно, нужно или отказаться от автоматического формирования книг покупок и продаж для такого договора, сформировав записи вручную, когда это потребуется, либо скорректировать результаты автозаполнения документов "Формирование записей книги продаж" и "Формирование записей книги покупок".