Скорее всего, такое расхождение вызвано тем, что в конфигурации "Бухгалтерский учет" учет товаров ведется по средневзвешенной оценке (исходя из среднемесячной стоимости), а в конфигурации "Торговля+Склад" учет товаров ведется по средней скользящей оценке.
Для того, чтобы оценка товаров в обеих конфигурациях была одинаковая, необходимо в конфигурации "Бухгалтерский учет" для константы "Вариант применения средних оценок стоимости товара" установить значение "Скользящая оценка (определение стоимости в момент отпуска)".
Поскольку эта константа - периодическая, следует проверить историю ее значения и, если есть необходимость, откорректировать. Затем нужно перепровести документы "Закрытие месяца", которыми выполнялась операция "Расчет (корректировка) фактической стоимости товаров".
