В случае возврата от покупателя в книге продаж отражается отрицательная запись на сумму ранее начисленного к уплате НДС с указанием счета-фактуры по реализации. Не требуется выписывать новый счет-фактуру на возврат. Если речь идет о возврате по одному из оснований для расторжения ранее имевшей место сделки купли-продажи в соответствии с ГК РФ (например, в случае продажи некачественного товара), то это не самостоятельная операция, поэтому счет-фактура на нее не оформляется, а корректируются ранее сделанные записи (на основании тех документов, которые были оформлены по соответствующим сделкам).
Если же возврат не подпадает ни под одно из оснований, упомянутых в ГК РФ, то это обратное приобретение товара от покупателя. В этом случае он должен выписать вам счет-фактуру (если, конечно, является плательщиком НДС), а в программе следует использовать документ "Поступление товаров и услуг" (где бывший покупатель будет выполнять роль поставщика), на основании которого необходимо зарегистрировать полученный счет-фактуру.