Ответ будет ясен, когда научитесь бухучету. Если его не знаете, сложно объяснить. У вас есть бухгалтер? Если нет, то наймите. Потому что это правила ведения б/у, которые регулируются Законом о б/у, ПБУ и прочими нормативными актами. Нельзя не выделять НДС, потому что это налог и его учет ведется на отдельном счете. Так же есть правила учета товаров, которые тоже ведутся на отдельном счете и по себестоимости. Это всё нужно для того чтобы вывести финансовый результат от деятельности вашего предприятия, рассчитать налог на прибыль, НДС. Вообще-то в программе введенные документы должны давать проводки. И в приходном документе должна быть отражена цена без НДС, цена с НДС. вы должны вести б/у, сдавать баланс и ф.2.