Что касается галочки "регисрация увольнения отдельным документом", то её уже давно фактически нет, увольнения всегда регистрируются отдельным документом. Проблема не в начислении з/п, она продолжает начисляться, а в том, как это всё отразить именно кадрам с их приказами.