На этот вопрос ответил ПФР РФ в письме от 26.04.2011 № ТМ-30-25/4492: "плательщики, применяющие основной тариф страховых взносов и при этом находящиеся на каком-либо из специальных налоговых режимов, заполняют две таблицы раздела 2 РСВ-1 ПФР, отдельно по основной системе обложения страховыми взносами и отдельно по специальным режимам и указывают код тарифа 01 и 51 соответственно, а на титульном листе проставляют код тарифа 00".
Такой порядок заполнения формы РСВ-1 в экономических программах фирмы "1С" реализован начиная с отчетной кампании за I полугодие 2011 - проверьте актуальность установленного у вас обновления.