Да вроде бы ничего сложного. Есть журнал доп.зарплаты. Есть справочник видов расчетов. При создании нового начисления/удержания можно отметить "не отражать в бухучете".
Вообще-то все "черное" лучше начислять на калькуляторе(или счетах с костяшками), а калькулятор(счеты с костяшками) хранить в кармане и уносить каждый вечер домой