Если разница в релизах, то объединением конфигурации, при условии что не была изменена ранняя.<br>Если в редакциях, то обычно к новой редакции идёт документация на эту тему.
Взоможно, при обновлении Вы неверно определяете приоритетную конфигурацию (должно быть указано "Загружаемая конфигурация") или метод объеденения (должно быть "Замещать объекты").