Вообще, если в описании к измененям в новом релизе не указаны изменения в вашем доработанном документе, то Вам при объединении конфигурации следовало просто снять галочку с этого документа, т.е. не изменять его. (Если изменений не было - можно объеденить вашу конфигурацию с предыдущей конфигурацией, сняв все галочки и оставив одну на вашем документе). Я ЗиК не очень хорошо знаю, но если вы дорабатывали документ, то думаю, что на это были причины и , возможно, в конфигурации это не предусмотрено. А есть еще 1 вариант, думаю вам он подойдет больше: просто скопируйте документ "Оплата по среднему заработку" из старой конфигурации в новую, назовите его типа "Перерывы для кормления". Т.е у вас будет 2 документа. Ваш документ используйте только для отражения события "Перерывы для кормления", а типовой во всех других случаях. При обновлении будет обновляться только типовой документ.