смотря как установили новую систему - если в режиме восстановления при запуске с диска (с загрузки) то данной проблемы не бывает, мне кажется что это не так, сделали установку снова и переписали существующую систему , скорее всего. Выход - сначала удаляем через удаление программ 1С8, потом с вашего родного диска (купленной базовой) ставим прогу, потом запускаем сетап от последнего 1.8.13, оно само обновляется потом регим в 1С. берем лицензию (желтую карту) там ИД и по новой регистрируем базовую версию, у вас останется возможность сделать это только еще один раз, дальше только покупаем снова или... Ну вообщем где-то так, не видя чего у вас, точнее не скажу