С первым вопросом удалось справиться благодаря помощи, решение оказалось в заполнении в документе "Перенос данных НДФЛ" по регистру "Расчеты налогоплательщиков с бюджетом по НДФЛ" значения "Сумма дохода".
а вот второй момент так и не решился, есть подозрение, что ЗУП не умеет корректно отражать выплату БЛ вместе с заработной платой. заполняется строка 140 суммой НДФЛ, строка 130 пустая, и Дата срока перечисления налога ставится 12.02.18, а не 28.02.18, то есть ЗУП не видит БЛ как БЛ, а видит как заработную плату, если судить по дате срока перечисления налога.
На скриншоте документ "Начисление зарплаты" отражает списание НДФЛ с отпусков (123 рубля) с крайним сроком уплаты как по заработной плате (а не как по БЛ) - 12.02.18, при этом сумма выплаченного дохода равна 0. А ниже у документов БЛ сумма НДФЛ отсутствует.