Помогите, пожалуйста с вопросом-Налог на имущество!!!

У меня бюджетная организация, есть здания, числящиеся на бюджете, но бухгалтер говорит, что нужно сдавать налог на имущество. Т.е. ей нужно вести налоговый учет. Хотя, вроде как, в бюджете это не предусмотрено, ведь налоговый учет ведется только на ПД или я не права?

Совершенно верно. Можете убедиться сами. В меню налоговый учет начислить налог на ОС по БД, программа поругается, а по ПД все нормально.

Так, что тогда делать? править конфигурацию или ей относить свои здания на ПД?

Можете править, но это будет не по инструкции, или же если так нужен налог, то перводить на ПД, перещитывать амортизацию. Если вы работаете у них программистом, тогда это не ваша головная боль. Скажут править конфигу правте под их ответственность, а нет пусть сами решают что делать.