Отражение заявок покупателя в 1 С

Подскажите пожалуйста, в компании используется 1С:Бухгалтерия, осуществляем транспортно-экспидиционную деятельность. К нам поступают заявки от покупателей, и мы выписываем заявки перевозчикам. Как это отобразить в 1С? Или там можно отразить только счета и счет-фактуры? И что делать, если выявлена недосдача от порчи груза (нашими заказчиками), в итоге мы выставили счет на меньшую сумму, но непонятно как и надо ли вводить в 1С акт о порче груза?