НДС

Федеральное Государственное Учреждение,зарегистрированно в налоговой инспекции г.Москвы, имеет филиалы,у которых открыты лицевые счета в территориальных органах Федерального казначейства по Московской области ,имеют самостоятельный баланс.Филиалы арендуют нежилые помещения,согласно договору аренды,арендодателем является комитет по управлению имуществом по Московской области.
Кто должен перечислять НДС с аренды и представлять налоговые декларации по НДС филиал самостоятельно или Федеральное Учреждение (юр.лицо) и в какой налоговый орган по месту нахождения филиала или юр.лица?

Смотря где филиал зарегистрирован, если Московская обл. то филиал перечисляет самостоятельно, если единая регистрация то Федер.Учреждение по Москве.

Филиалы это отдельные юрлица. Так ведь?
Соответственно перечисляют и представляют они - в местный орган.

Совершенно верно.