"Мне кажется, Вы не совсем верно выставляете счет-фактуру. В соответствии со статьей 168 НК РФ, счет-фактура должна быть выставлена не позднее 5 дней, считая со дня отгрузки. Вроде бы, раз она должна быть выставлена не позднее, то это не должно препятствовать выставлению ее до отгрузки; но при проверке налоговая может придраться к такому порядку оформлению с/ф. На Вашем месте я бы готовил с/ф с пустыми окошечками номера и даты, а складе бы проставляли номера и даты вручную. Заполнение счета-фактуры комбинированным способом (т.е. частично на компьютере, а частично от руки) легализовано последними изменениями законодательства."