Несколько ГТД через запятую для одной позиции в счет-фактуре

Можно ли это делать? Заранее спасибо

Можно. Редактируя перед печатью саму счёт-фактуру.

Просто бухгалтер считает, что одна позиция - одна ГТД...

На самом деле доля правды в словах бухгалтера есть.
Последний абзац п. 5 ст. 169 НК говорит о соответствии сведений, указанных в предъявляемой счет-фактуре сведениям, содержащимся в полученных счет-фактурах и... товаросопроводительных документах.
Т.е. буквальное понимание этих слов приводит к тому, что на каждую ГТД часто заводится отдельная строка счет-фактуры с указанием соответствующего количества.
И это реализовано во многих торговых системах.
Но... следует также помнить, что этот самый последний абзац касается только пп. 13 и 14 п. 5 ст. 169 НК, т.е. только страны происхождения и ГТД, и это прямо в нем указано.
Поэтому не будет ошибкой простое перечисление ГТД, как было указано выше.