А почему решили, что переплаченные суммы работники обязаны возвратить? Вовсе это не так, просто переплаченные суммы не возместит ФСС и придется их отнести за счет прибыли. А теперь предствьте себе, что в 1-НДФЛ должно стоять в месяце пересчета по коду 2300? Отрицательная сумма дохода, с которой нужно возвратить НДФЛ, уплаченный в прошлом налоговом периоде? Разработчики 1С, чтобы обойти сей казус, не мудрствуя лукаво, сторнируют доход в месяце первого начисления (вовсе они не забыты, посмотрите 1-НДФЛ 2007 года)) и повторно начисляют при исправлении б/л, что тоже вовсе не здорово. Задайте им вопрос на горячую линию, почему они делают именно так.