Согласно матчасти необходимо произвести первоначальную выгрузку сведений по организации, план счетов и аналитику. Если до этого в ЗУП ручками была введена та же организация, то при переносе она игнорируется, а создается новая, даже с тем же кодом. Почему? ИМХО, простейшая синхронизация могла быть предусмотрена и в этом случае.