ЕНВД

ИП осуществляет  торговлю через магазин, деятельность попадает под ЕНВД (но сдает пустые отчеты по упрощенке), если поступили деньги на р/счет от покупателей за информационные услуги, попадет ли этот платеж под ЕНВД или нужно будет сдавать еще и декларацию по упрощенной системе налогообложения?

Чтобы быть на упрощенке надо на нее перейти. Из вашего вопроса почему-то показалось, что вы на нее не переходили, или я неправа? Если же вы на УСН, то тогда нужно и декларацию по УСН сдавать.

Мы находиилсь на упрощенке, но деятельность вся попадала под вмененку, что делать с деньгами которые перечислены на р/счет, можно ли их вернуть как неверно уплаченную сумму, а затем покупатели нам заплатят наличкой?

Даже если заплатят наличкой, то это необязательно будет ЕНВД, т.к платили за информационные услуги, а этот вид деятельности не подлежит ЕНВД