Переход в учете по НДФЛ на коды ОКТМО

во-первых, в Обработках. Во-вторых, если вы обновились на соответствующий релиз, она сама автоматически запускается

Подскажите тогда как быть, если реально нужен отчет в разрезе ОКАТО или ОКТМ? Цифры задваиваются только для головного подразделения. После изменений, проведенных обработкой, для обособленных подразделений с другим ОКАТО и ОКТМО цифры нормальные, а для головного, куда должны тянуться реквизиты организации - удваиваются. Где ошибка?

Сделайте копию, проверьте регистры, где задействован ОКТМО (можно в этой обработке посмотреть), посмотрите как отчеты отрабатывают. Конкретнее не могу сказать, тут всё индивидуально