Дважды удерживает НДФЛ в регистрах налогоовго учета

> если нет - документом выплаты. Поэтому при втором варианте (если он не менялся в течение года) вам не нужно перепроводить документы начисления, только выплаты.
В том -то и дело, что пока не отменешь начисление, как не перепроводи выплаты, он все равно ндфл дважды удерживает, либо удерживает не корректно, т.е. делит на межрасчетные выплаты и з/плату.
Он в течении года не менялся. Галочка в "При начислении принимать исчисленный НДФЛ как удержанный"  не стоит. Но регистры в течении года , точно знаю до октября формировались правильно. Дата удержания ндфл стояла в день выплаты з/п, т.е. с ведомости  по премии ндфл не отражался.