Если организация имеет два КПП (в качестве крупнейшего налогоплательщика и по месту нахождения), то в счете-фактуре следует указывать КПП, который присвоен ей как крупнейшему налогоплательщику.
К такому выводу Минфин России пришел в письме от 20.08.2015 № 03-07-09/49236. Свою позицию финансовое ведомство обосновало следующим. Согласно установленному порядку крупнейший налогоплательщик представляет декларацию по НДС в налоговый орган по месту постановки на учет в качестве крупнейшего налогоплательщика. В этой декларации он указывает КПП, присвоенный ему этим налоговым органом.
В целях обеспечения эффективности администрирования НДС этот же КПП следует указывать при заполнении счетов-фактур.
В «1С:Бухгалтерии8» редакции 3.0 сведения об организации, в том числе КПП указываются в справочнике Организации. Это КПП будет использоваться при формировании первичных документов, счетов-фактур и регламентированных отчетов. Напомним, что начиная с релиза 3.0.39 в программе доступна функциональность по хранению истории ИНН и КПП как собственной организации, так и контрагентов.
Всю информацию о заполнении счета-фактуры см. на сайте 1С:ИТС.