Минфин РФ в своем письме от 03.10.2017 N 03-07-11/64367 указал, как вести учет НДС, если после получения полной предоплаты в счет выполнения работ их стоимость была уменьшена, а часть оставшейся предоплаты зачтена по другому договору с этим же заказчиком.
Ведомство напоминает, что по нормам статьи 167 НК РФ, налоговая база по НДС определяется на наиболее раннюю из дат: день отгрузки товаров (работ, услуг) или день их оплаты (частичной оплаты).
Сумму переплаты, возникшую у продавца после уменьшения стоимости выполненных работ, в счет которой будет осуществлено выполнение других работ, следует признавать суммой частичной оплаты, полученной в счет предстоящего выполнения других работ.
В связи с этим, данная сумма переплаты включается в базу по НДС в налоговом периоде, в котором договором, соглашением или иным первичным документом подтверждено согласие покупателя на уменьшение стоимости выполненных работ.