Минфин РФ в своем письме от 31.01.2017 № 03-07-10/4734 привел порядок применения НДС при покупке товаров за счет средств федерального бюджета, а также если организацией получены бюджетные средства в виде взноса в уставный капитал.
Ведомство отмечает, что в случае приобретения товаров (работ, услуг) за счет средств федерального бюджета суммы НДС оплачиваются продавцам также за счет бюджетных средств.
Принятие к вычету таких сумм НДС приведет к повторному возмещению налога из федерального бюджета. Поэтому в таком случае суммы налога к вычету (возмещению) принимать не следует.
Вместе с тем средства, полученные организацией из федерального бюджета в виде взноса в уставный капитал, не рассматриваются как бюджетные средства, из которых оплачивается НДС при приобретении товаров.
Поэтому НДС, предъявленный налогоплательщику по приобретенным товарам и оплачиваемый за счет данных средств, принимаются к вычету в общем порядке.