По счетам-фактурам с факсимильной подписью можно применить вычет НДС. Об этом сказано в постановлении ФАС Северо-Кавказского округа от 10.12.2010 по делу № А53-3061/2010.
Налоговое законодательство не устанавливает допустимые способы подписания счетов-фактур. Запрета на совершение подписи руководителя и главного бухгалтера путем проставления штампа-факсимиле не установлено. В данном случае требования статьи 169 НК РФ, необходимые для применения налогоплательщиком вычета НДС, не нарушаются.
Отметим, что официальной позиции контролирующих ведомств такой подход не соответствует. Однако ВАС РФ уже подтверждал правомерность данного подхода. Подробнее см. здесь.
