По общему правилу, при реализации товаров, в том числе в Республику Беларусь, организация, применяющая УСН, счета-фактуры выставлять не должна. Это подтверждено в письме Минфина России от 22.07.2010 № 03-07-13/1/04.
Белорусский партнер может настаивать на выставлении счета-фактуры. Для него указанная операция является импортом. Он уплачивает налоги и сдает декларацию компетентным органам Беларуси. В числе документов, прилагаемых к декларации, упоминается счет-фактура.
Однако важно обратить внимание на точную формулировку Протокола от 11.12.2009 "О порядке взимания косвенных налогов и механизме контроля за их уплатой при экспорте и импорте товаров в таможенном союзе". Счета-фактуры прилагаются к декларации, в случае если их выставление (выписка) предусмотрено законодательством государства - члена таможенного союза.