Если товаров поступило меньше, чем указано в счете-фактуре, то к вычету принимается НДС, относящийся к фактически поступившим товарам
В письме от 30.04.2013 № 03-03-06/1/15358 Минфин России рассмотрел вопрос о том, в какой сумме налогоплательщик вправе принять к вычету НДС, если фактическое количество и (или) стоимость поступивших товаров (работ, услуг) меньше, чем указано в счете-фактуре поставщика.