ФНС России в недавно распространенном письме от 06.05.2008 № 03-1-03/1925 разъяснила, что НДС на основании счета-фактуре, выставленного налогоплательщиком, применяюшим УСН, принять к вычету нельзя.
Во-первых, к вычету можно принять только НДС предъявленный налогоплательщиком НДС, каковым «упрощенец» не является.
Во-вторых, в самом счете-фактуре должны быть указаны реквизиты налогоплательщика НДС, значит «упрощенец» не может правильно заполнить счет-фактуру, поскольку изначально лицо, применяющее УСН, не признается плательщиком НДС.
А вот заплатить НДС в бюджет в случае выставления счета-фактуры «упрощенцу» придется. Это прямо следует из подпункта 1 пункта 5 статьи 173 НК РФ.