По мнению ФНС России, изложенному в письме от 04.07.2008 № 3-1-09/161, если ввезенные из Республики Беларусь товары у налогоплательщика были похищены, то и заявлять к вычету сумму уплаченного ранее "ввозного" НДС нет оснований.
Логика налоговиков проста. Даже если белорусские товары были приняты на учет, а НДС по ним уплачен в бюджет (п. 2, п. 5, п. 6 Приложения к Соглашению между Правительством Российской Федерации и Правительством Республики Беларусь о принципах взимания косвенных налогов при экспорте и импорте товаров, выполнении работ, оказании услуг от 15.09.2004 (далее - Приложение)), хищение товаров является непреодолимым препятствием для НДС-вычета. Ведь в такой ситуации становится невыполнимым еще одно обязательное условие для применения налогового вычета - использование ввезенных товаров для осуществления облагаемых НДС операций.
Кстати, хищение товаров рассматривается налоговиками и финансистами и основанием, достаточным для восстановления ранее принятых к вычету сумм НДС по таким товарам (письма ФНС России от 20.11.2007 № ШТ-6-03/899@, Минфина России от 01.11.2007 № 03-07-15/175, от 31.07.2006 № 03-04-11/132 и др.). Несмотря даже на то, что ВАС РФ мнение по этому вопросу прямо противоположное (подробнее о решении ВАС РФ от 23.10.2006 № 10652/06 читайте здесь).