Минфин России в письме от 22.03.2006 № 03-04-11/61 разъяснил, что неправильно заполненный счет-фактура регистрируется в книге покупок в периоде, когда он получен покупателем после исправлений.
И, соответственно, отражается в налоговой декларации также только после внесенных исправлений.
Такой вывод финансовое ведомство делает из нормы пункта 2 статьи 169 НК РФ, в соответствии с которым счета-фактуры, предъявленные с нарушением порядка, не могут являться основанием для принятия НДС к вычету.
Также читайте статью "Заполнение счетов-фактур: новые проблемы".