Необходимо различать начисление износа и начисление амортизации.
В бухгалтерском учете бюджетных учреждений износ начисляется по соответствующим нормам. Для этого в программе предусмотрен документ "Начисление износа" (журнал "Основные средства"). Документ следует вводить и проводить 1 раз в году в последний день года.
О начислении износа подробно написано в документации к программе (см. разделы "Справочник "Основные средства", "Справочник "Нормы износа", "Документ "Начисление износа").
Для целей налогового учета начисляется амортизация. Для этого предусмотрен документ "Расчет амортизации" ("Налоговый учет" - "Налоговый учет амортизируемого имущества").
Порядок ведения учета амортизируемого имущества приведен в дополнительном описании к конфигурации (в меню "Помощь" - "Дополнительное описание").