В конфигурации "1С:Бухгалтерия" редакции 4.0 и в Комплексной конфигурации редакции 3.0 (с новым планом счетов) для того, чтобы сформировалась проводка по НДС, необходимо оформить документ "Счет-фактура полученный".
Такой порядок оформления документов сделан потому, что в соответствии со второй частью Налогового кодекса, НДС учитывается покупателем только при наличии у него счета-фактуры, выданного поставщиком.