О подтверждении ставки 0% и отказе в вычетах НДС

А как быть, если я собрала документы для подтверждения, выбрала событие "Ставка подтверждена" (все как в первом варианте сделала)например за 1 квартал. Проверка шла 3 месяца и мне в части НДС отказали, например 1/3 часть предъявленного мной к возмещению. Решение получила в конце 2 квартала. И в это же время подошел срок 180 дней. Как правильно поступить? Делать проводки через операции или каким-то документом. Ведь подтверждение ставки первоначально я уже делала. А в 4 квартале я дособрала необходимые документы и буду подавать на отказные суммы НДС заново. С уважением, Ирина А.