Как вот понимать такие несоответствия?

МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ ПИСЬМО от 23 июня 2008 г. N 03-02-07/1-228, текст вопроса таков, Вопрос: Каков порядок начисления пеней по авансовым платежам по страховым взносам на обязательное пенсионное страхование, а также зачета (возврата) излишне уплаченных (взысканных) сумм указанных пеней?
Соответствующий и ответ.

МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ ПИСЬМО от 5 июня 2008 г. N 03-03-06/1/346, а здесь текст такой, Вопрос: В соответствии с коллективным договором организация обязана возмещать расходы работникам, трудовая деятельность которых носит разъездной характер. Организацией принят локальный нормативный акт, устанавливающий размер и порядок возмещения командировочных расходов. Правомерно ли использование организацией при исчислении налога на прибыль указанного метода формирования расходов, связанных с разъездным характером работы?

В варианте сайта 1С это письмо про курсовые разницы!

В первой части Вашего вопроса упоминается письмо Минфина от 23.06.2008, письмо комментируемое датировано 05.05.2009. Со вторым письмом ситуация точно такая же - Вы ссылаетесь на письмо 2008 года, а новость от 08.06.2009 "Чем грозит непредставление промежуточной отчетности по налогу на прибыль" комментирует письмо за 2009 год.
На будущее обратите внимание, что письма Минфина России не имеют уникальных номеров, они могут повторяться даже в рамках одного года, и "отличить" их друг от друга можно только по датам, и, естественно, содержанию (эту особенность организации делопроизводства в министерстве приходится принимать как данность). Внимание к деталям, выражающаяся в том числе во внимательном отношении к реквизитам НПА и первичных документов - отличительная черта профессионального бухгалтера.